Najstarsza raciborska świątynia kryje miejsca spoczynku mieszczan oraz miejscowych kanoników.
W 1738 roku, z dotacji stu talarów Elżbiety Menzin, zakończono budowę, rozciągającej się wzdłuż całego kościoła, wielkiej krypty dla dystyngowanych mieszkańców. Wejście było usytuowane blisko prezbiterium. Pod koniec XIX wieku krypta została zasypana.
Znacznie mniejsza krypta wikariuszy, mieszcząca się przed nieistniejącym już ołtarzem św. Jana Nepomucena, została wówczas odrestaurowana. W czasie prac stwierdzono, że fundamenty zarówno kościoła, jak i filarów nośnych w nawie mają głębokość niespełna jednego metra. Ołtarz św. Jana Nepomucena ufundowano 19 marca 1729 roku.
Trzecia krypta znajdowała się w kaplicy Zbawiciela, zwanej też kaplicą św. Anny lub kaplicą Maryjną. Rozebrano ją w czasie powiększenia kościoła WNMP w XIX wieku. Przylegała do świątyni od strony południowej. Na jej wschodniej ścianie odkryto inskrypcje, wskazujące na pożary, jakie miały miejsce w latach: 1300, 1426, 1546 i 1574. Na ścianie północnej znajdowały się napisy o pożarach, jakie wydarzyły się 9 września 1637 i 31 maja 1698 roku.
Czwarta krypta znajdowała się w kaplicy św. Barbary. Przylegała ona do nawy bocznej od północy, na wysokości prezbiterium. Za czasów Jana Nepomucena Zolondka, proboszcza w latach 1818-1836, została znacznie zmniejszona. Kiedy w 1885 roku zawiązał się komitet budowy wieży, kaplica została rozebrana. W jej miejscu, w 1885 roku, wybudowano nową, dostosowując jej wielkość do istniejącej wcześniej przed „podwojami prałatów”. Ten nowy obiekt zyskał miano kaplicy chrzcielnej. Legła w gruzach w 1945 roku i nie została odbudowana.
Najważniejsza, najdostojniejsza była, znajdująca się pod prezbiterium, „krypta prałatów”. Jako ostatni, 14 grudnia 1914 roku, spoczął w niej ks. prałat dr Herman Schaffer, który w latach 1901 i 1905, z własnych środków, kazał przeprowadzić renowację wejścia i posadzki prezbiterium. Stwierdzono wówczas, że w krypcie znajdują się jeszcze cztery pochówki.
Nie udało się jednak wówczas ustalić, kiedy dokonano ostatniego pochówku.
Paweł Newerla, waw
